جاء تأسيس جمعية مركز برج اللقلق في العاشر من كانون أول من عام 1991 كرد فعل وسد منيع أمام الهجمات الاستيطانية اليهودية الرسمية والمُتمثلة بالأجهزة والوزارات الإسرائيلية من جهة، والجمعيات الاستيطانية من جهة أُخرى. فعلى مدى الأعوام السابقة قامت مجموعة من الغيورين على القدس من أفراد ومؤسسات وطنية فلسطينية بالتواجد والتجمهر في الموقع كوسيلة لحماية الأرض.
منذ ذلك الحين والمركز يسعى لتفعيل واستثمار الموقع وتوسيع البناء فيه وتلبية الاحتياجات المختلفة لسكان المنطقة فبداية كان النادي الرياضي للشباب هو أول حاجة قام البرج بتلبيتها ومن ثم جاءت روضة الأطفال، مكتبة فيصل الحسيني، خيمة البرج لتلبي احتياجات اجتماعية وثقافية. يقوم المركز على مساحة واسعة من أراضي البلدة القديمة حيثُ يصل إجمالي مساحته إلى أكثر من ثماني “8″ دونمات مما يجعله المركز الأوسع من حيث الأراضي سواءً داخل أسوار البلدة القديمة أو في المحيط.
تعتبر جمعية مركز برج اللقلق للعمل المجتمعي مؤسسة وطنية غير ربحية تقوم بخدمة سكان البلدة القديمة بشكل عام و أهالي حي باب حُطة بشكل خاص، حيثُ يعيش داخل أسوار البلدة القديمة ما يزيد عن 50000 فلسطيني منهم 10000 آلاف في حي باب حُطة.